En 1991, Richard Stallman avait développé un grand nombre de logiciels, mais le composant de base du projet GNU n'avait pas encore vu le jour.
Linus Torvalds (le nom Linux est issu d'un jeu de mot entre son prénom et Unix), 21 ans, étudiant finlandais à Helsinki, Finlande, démarra comme hobby l'écriture d'un nouveau noyau (cliquez sur les mots verts pour en avoir la définition) de système d'exploitation de type Unix fonctionnant sur plateforme i386. Il s'intéressait à Minix, un petit système Unix fonctionnant aussi sur PC, et décida de développer un système qui serait meilleur. Il publia la première version 0.02 sur le forum de discussion comp.os.minix, en demandant à d'autres développeurs de l'aider afin de l'améliorer :
Vous regrettez les beaux jours de Minix-1.1, lorsque les hommes étaient des hommes et écrivaient leurs propres pilotes de périphériques ? Vous manquez d'un superbe projet et vous languissez après un système que vous pourriez modifier à votre convenance ? Vous êtes frustrés que tout fonctionne sous Minix ? Plus de nuits blanches passées à tenter de faire fonctionner un programme récalcitrant ? Alors ce message pourrait bien être pour vous.
Comme signalé il y a un mois, je travaille actuellement sur une version libre et gratuite d'un système ressemblant à Minix pour les ordinateurs AT-386. J'ai finalement atteint un stade où il est utilisable (bien qu'il puisse ne pas l'être pour vous, selon ce que vous désirez), et je compte diffuser les sources pour une diffusion plus large. Il s'agit juste de la version 0.02... mais j'ai pu exécuter bash, gcc, gnu-make, gnu-sed, compress, etc. avec succès sous ce système.
Peu à peu des personnes de plus en plus nombreuses se joignirent à Linus afin de développer le système que l'on connait aujourd'hui. Les nombreux utilitaires GNU furent intégrés à Linux.
La licence du noyau Linux est la GPL dont on a parlé plus haut.
Par abus de langage, on désigne souvent par « Linux » l'ensemble des logiciels composant le système d'exploitation (noyau, utilitaires GNU, autres logiciels libres). Linux n'est en fait à proprement parler que le noyau de ce système, le reste des logiciels étant en grande partie issu du projet GNU. C'est pourquoi Richard Stallman et les puristes et parlent plutôt de « GNU/Linux ». Notons que le noyau officiel du projet GNU n'est pas Linux, mais le Hurd (ce qui signifie "troupeau", en anglais).
En 1996, le besoin d'avoir un logo pour le noyau Linux se faisant sentir, un concours a été lancé. Linus Torvalds ayant dit qu'il aimait bien les manchots, plusieurs mascottes furent soumises aux développeurs, et le dessin de Larry Ewing (réalisé avec GIMP) fut choisi, et prénommé "Tux" (jeu de mot entre Linux et "tuxedo", costume de type smoking, en anglais - ou selon les versions : (T)orvalds (U)ni(X) -> TUX).
Il est aujourd'hui universellement reconnu comme la mascotte de Linux.